Il progetto del Flogger fu sviluppato a partire dal 1964, quando le forze aeree sovietiche richiesero un caccia che fosse in grado di opporsi al potente F-4 Phantom II americano. Il nuovo velivolo doveva ovviare alle principali carenze evidenziate dal MiG-21 Fishbed: la mancanza di un'avionica avanzata e l' impossibilità di utilizzare missili BVR (ossia con portata superiore all'orizzonte visivo).
L'ufficio tecnico Mikoyan-Gurevich mise a punto un caccia monomotore, monoposto, con ali a geometria variabile, che spiccava per una serie di caratteristiche: era motorizzato con un turbojet estremamente potente per l'epoca, che gli garantiva altissime prestazioni; le ali a geometria variabile consentivano di adottare un profilo ottimale a tutte le velocità e di ridurre sensibilmente la corsa di decollo e di atterraggio; la particolare conformazione del carrello era studiata per operare anche da piste semipreparate; il potente sistema radar era compatibile con i nuovi missili a medio raggio AA-7 Apex ed era interfacciato con un sistema IRST.
Il prototipo del MiG-23, designato Ye-231, spiccò il suo primo volo il 10 giugno del 1967 e appena un mese più tardi fu presentato al pubblico nella grande parata aerea di Domodedovo.
Il velivolo entrò in produzione nel 1970 e diventò operativo con la VVS tra il 1972 e il 1973.
Il Flogger è stato prodotto in circa 5.000 esemplari per 25 paesi del mondo, comprese le versioni biposto e la variante MiG-27 da attacco al suolo. Alcune centinaia di Flogger sono tuttora operativi, anche se il modello è stato radiato da tempo dalle forze aeree russe.
Nella sua lunga carriera, il Flogger si è rivelato un velivolo mediocre: meno maneggevole dei Phantom II, il caccia sovietico è stato ulteriormente penalizzato da un'avionica complessa ma poco efficiente, e da un armamento missilistico poco affidabile.
Il Flogger ebbe il battesimo del fuoco nel 1974, quando un esemplare siriano abbatté un Phantom israeliano impegnato in una missione di attacco al suolo. Nel successivo confronto fra Israele e Siria sui cieli libanesi, nel 1981-82, numerosi MiG-23 furono abbattuti senza infliggere perdite ai velivoli israeliani.
Tra il 1980 ed il 1988 i MiG-23 irakeni furono impegnati contro gli F-14, gli F-4 e gli F-5 iraniani, e ne uscirono decimati. Le pochissime vittorie aria-aria dei Flogger irakeni furono ottenute a spese dei piccoli F-5 Tiger.
Nel 1989 una coppia di Flogger libici fu abbattuta nel Mediterraneo dai Tomcat dell'US Navy.
I Flogger irakeni tornarono a combattere durante la prima Guerra del Golfo del 1991, ma 8 di essi furono abbattuti - prevalentemente dagli F-15 dell'USAF, senza infliggere perdite. Molti Flogger irakeni, per scampare alla distruzione, ripararono in Iran.
Aggiornato al Febbraio 2005