JAS-39A
Prima versione di serie, monoposto.
JAS-39B
Versione biposto per la conversione operativa.
JAS-39C
Seconda versione di serie, monoposto, con piene capacità aria-aria e aria-terra.
Introduce un'avionica allo standard definitivo, sonda di rifornimento in volo opzionale, piena compatibilità con i pod di illuminazione laser e da ricognizione, sistema di protezione elettronica avanzato, sistema di navigazione GPS, nuovo cockpit.
JAS-39D
Variante biposto per conversione operativa, simile alla versione C.
JAS-39E/F
Proposta versione con radar a tecnologia AESA.
JAS-39X
Designazione per l'esportazione.