Un missile IR che parte dalla stiva è un pò difficile che riesca ad acquisire il bersaglio, perchè come spiegato a inizio discussione
Quindi o si usa un sistema come quello dello F22 per le stive laterali, assenti nello F35, oppure il missile deve essere per forza esterno
Infatti l'F35, in configurazione stealth, non prevede l'uso di missili IR.
Per quanto riguarda la ipotesi di farli scortare dagli EF allora tanto vale che gli stessi F35 portino armi esterne, perchè come hai detto tu i radar non vedrebbero gli F35, ma gli EF sì...