Sicuramente o è un virus, oppure è un programma (o qualche spyware e co.) che si carica automaticamente all'avvio e ti fa rallentare il tutto.
Quindi ti consiglio di fare alcune cose:
Accedi in modalità provvisoria (premi F8 ripetutamente all'avvio)
Da qui il PC si carica normalmente?
Adesso da esegui---> msconfig
da qui cerca di eliminare tutte le voci che non sono indispensabili che partono all'avvio automaticamente. Per quelle che non conosci, vacci piano e fai molte prove finchè non vedi che Windows si carica normalemente.
Se non risolvi, prova ad aggiornare l'antivirus e programmi come spybot, adaware e fai una scansione.